Pelo Dicionário Aurélio:

Alienígena [Do lat. alienigena.]
Adj. 2 g.
S. 2 g.
1. Que ou quem é de outro país; estrangeiro:
[Antôn.: indígena.]

Indígena [Do lat. indigena.]
Adj. 2 g.
1. Originário de determinado país, região ou localidade; nativo.
2. Bras. Relativo ou pertencente a índio2 (4), ou aos índios [ v. índio2 (4) ] em geral.
S. 2 g.
3. Pessoa natural do lugar ou do país em que habita; nativo.
4. Índio2 (4).
[Antôn. das acepç. 1 e 3: alienígena.]

Pelo Irmão Daluz

Alienígena é o cara que mora em Toledo e vai para São Paulo e que não é de São Paulo (?!) e indígena é o cara que mora em São Paulo e é de São Paulo, mas que não veio de Toledo (?!). Deveríamos ter filmado...